Mathilda, une jeune New Yorkaise de douze ans, vit une vie indésirable dans sa demi-famille. Son père stocke de la drogue pour le flic corrompu, Norman Stansfield. Seul son petit frère empêche Mathilda de s’en aller. Un jour, Stansfield et son équipe se vengent cruellement de son père pour avoir étiré un peu la drogue, tuant ainsi toute la famille. Seule Mathilda, qui faisait ses courses, survit en s'abritant dans l'appartement de Léon. Bientôt, elle découvre la profession inhabituelle de l'étrange voisin - le meurtre - et cherche désespérément son aide pour se venger de son petit frère. Léon, complètement inexpérimenté dans ses tâches paternelles et dans ses amitiés, fait de son mieux pour empêcher Mathilda d'avoir des ennuis - sans succès. Maintenant, le conflit entre un tueur, qui découvre lentement ses capacités à vivre, à ressentir, à aimer et un policier corrompu ...