Au vingt-troisième siècle, l'univers est menacé par le mal. Le seul espoir pour l'humanité est le cinquième élément, qui vient sur terre chaque année pour protéger le monde du feu, de l'eau, de la terre et de l'air. Un vaisseau spatial de Mondoshawan ramène le cinquième élément sur Terre mais il est détruit par les maléfiques Mangalores. Cependant, une équipe de scientifiques utilise l'ADN du reste du cinquième élément pour reconstruire l'être parfait appelé Leeloo. Elle s'échappe du laboratoire et trébuche sur le chauffeur de taxi et entraîne le commando d'élite Korben Dallas qui l'aide à échapper à la police. Leeloo lui dit de rencontrer le père Vito Cornelius pour accomplir sa mission. Pendant ce temps, le Mal utilise le gourmand et cruel Jean-Baptiste Emanuel Zorg et une équipe de mercenaires Mangalores pour récupérer les pierres et éviter la protection de Leeloo. Mais l'habile Korben Dallas est tombé amoureux de Leeloo et décide de l'aider à récupérer les pierres.